Si se refiere a números de Fibonacci que tienden a aparecer en la naturaleza, como en las espirales de girasoles, piñas, etc., y pregunta si existen fenómenos naturales que ocurren en función de los números primos, entonces sí.
La cigarra tiene un ciclo de vida de 17 o 13 años, dependiendo de qué región del mundo sea. (ver también Cigarras periódicas y Página en nyu.edu)
La teoría es que el ciclo de vida evolucionó hasta ser un número primo de años para evitar que un depredador sincronice su propio ciclo de vida. El artículo vinculado debería cubrirlo, por lo que no entraré en detalles, excepto para agregar que la evolución NO es un proceso inteligente y, por lo tanto, no tiene conocimiento previo de los números primos. En cambio, habría habido variación en el período del ciclo de vida, y los linajes de cigarras con un número primo de años habrían sobrevivido a los linajes de cigarras sobrevivientes con un número compuesto de años en su ciclo de vida.
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Este ejemplo puede no ser exactamente lo que estaba buscando. No es algo que pueda ver directamente, a menos que espere 17 años, y no todos los números primos están cubiertos, pero, sin embargo, es un ejemplo genial de la naturaleza que se topa con números primos.