¿Qué significa un valor de bootstrapping de 100 en un nodo de árbol filogenético?

El valor de arranque no dice nada directo sobre la conservación evolutiva: dice qué tan bien se admite este nodo en el modelo que está utilizando para generar un árbol filogenético. Bootstrapping es un procedimiento en el que se toma un subconjunto aleatorio de datos y se vuelve a ejecutar el análisis filogenético, y el valor informado es el porcentaje de réplicas de bootstrap en el que apareció el nodo. Por lo tanto, 100 significa que el nodo está bien soportado: se mostró en todas las réplicas de arranque.

¿Qué otros taxones hay en tu árbol filogenético? Eso ayudaría a interpretar el valor de arranque del 100%. Por ejemplo, si su árbol contiene un pájaro, un ratón y un ser humano, todo el valor de arranque muestra que el ratón y el ser humano son mucho más similares en este gen que un pájaro, lo que no debería sorprender a nadie. Si el tercer taxón es, por ejemplo, un perro, por otro lado, este árbol genético es compatible con el clado Euarchontoglires que se descubrió a través de la filogenética molecular. En cualquier caso, hay mejores formas de medir el conservadurismo evolutivo (p. Ej., Porcentaje de divergencia de secuencia entre el ratón y las secuencias humanas).

Los valores de arranque no paramétricos para los nodos del árbol filogenético se obtienen muestreando columnas de alineación / matix “con reemplazo” (es decir, cada columna se puede elegir una vez, más de una vez o ninguna) para crear una gran cantidad de conjuntos de datos pseudo-replicados que tienen el mismo tamaño (número de columnas) que el conjunto de datos original. El análisis (unión de vecinos, parsimonia máxima o probabilidad máxima) luego se ejecuta en cada pseudo-réplica y los árboles resultantes se usan para generar una tabla de frecuencias que nos dice con qué frecuencia una partición o “división” dada (rama que separa un grupo de taxones del resto) ocurre en el conjunto de pseudo-réplicas. Las frecuencias en la tabla que corresponden a divisiones encontradas en el árbol original (inferido del conjunto de datos original) pueden asignarse a los nodos en ese árbol, pero en realidad corresponden a la rama subyacente que “soporta” ese nodo.

El soporte de Bootstrap no nos dice nada sobre la conservación evolutiva (para eso, es posible que desee ver la distribución de tasa específica de columna si utilizó un modelo gamma (+ G) para inferir la filogenia). Más bien, el bootstrapping es un método ad hoc para determinar si la señal filogenética general es consistente dentro de un conjunto de datos y, por lo tanto, confiable.

Es importante destacar que muchas herramientas de visualización (p. Ej., FigTree) informan los valores de arranque como fracciones (p. Ej., 0.96 denota una frecuencia dividida del 96% en las pseudo-réplicas). Debe saber si su valor de “100” indica un 100% de soporte (muy alto) o una frecuencia dividida de 100 en 500 pseudo réplicas (20% de soporte; muy bajo ).

Significa que este nodo y sus descendientes se encontraron en cada iteración de submuestreo con reemplazo. Esencialmente significa que hay un fuerte soporte para ese nodo.