Por error, ejecuté ADN en un gel de agarosa en el tampón de carga SDS y no sucedió nada fuera de lo común, por lo que es poco probable que el tinte de carga contribuya de manera alguna.
Dado que un gel de agarosa no es desnaturalizante, sus proteínas se replegarán (si es posible) con bastante rapidez. Además, dado que la cantidad de carga presente en las moléculas de proteína ahora es mucho menor (la SDS en un gel SDS-PAGE hace que todas las proteínas tengan una carga MUY negativa), la fuerza que experimentan debido al campo eléctrico será mucho menor. Sus proteínas cargadas negativamente migrarán lentamente por el gel, mientras que las proteínas cargadas positivamente irán en la dirección opuesta y (dependiendo de dónde esté su peine en el gel) probablemente terminarán en su tampón de funcionamiento. Las proteínas débilmente cargadas o nada cargadas se sentarán cerca del pozo y realmente no harán nada.
El tamaño de poro de los geles de agarosa es MUCHO mayor que el de los geles de poliacrilamida, por lo que las proteínas que migran experimentarán mucha menos resistencia. Esto conducirá a (probablemente) una resolución deficiente de su muestra, y probablemente no verá nada más que una mancha gigante en el carril si mancha el gel.
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