Cómo interpretar el cambio de pliegue de registro con expresión génica

En tu caso

A = 280.02

B = 302,1

Foldchange es B / A = 1.078

FC = 1.5 o mayor está regulado hacia arriba, y si los valores fueron 0.66 significa que todos los valores inferiores a 0.66 serán regulados a la baja.

Para todos los genes puntuados, el cambio de pliegue se calculó dividiendo el valor mutante por el valor de tipo salvaje. Si este número fue menor que uno, se enumera el recíproco (negativo) (por ejemplo, 0,75, o una caída del 25% del tipo salvaje se informa como 1,3 veces hacia abajo o -1,3 veces como cambio). Los cambios de pliegue reportados son el promedio de los dos experimentos independientes.

Un cambio se consideró significativo y se informó en las listas que contienen genes> 2 veces hacia abajo (o hacia arriba) según los siguientes criterios: el gen se calificó, el cambio de pliegue fue más de 2 veces en los dos experimentos independientes, y el cambio en los valores estaba por encima de los valores de fondo en ambas comparaciones.

Para log2-foldchange, su fórmula es

log2FC = Log2 (B) -Log2 (A)

que luego todos los valores superiores a 0,5849 se regulaban por incremento y todos los valores inferiores a -0,5849 (o FC = 0,666) se regulaban por disminución de genes, proteínas, etc.

En tu caso

log2FC = Log2 (302.1) -Log2 (280.02) = 0.109.

Entonces nuestro resultado es un poco más regulado.

Espero que tengas la respuesta!

El cambio de log2Fold se calcula tomando los niveles de expresión de cada gen en las dos condiciones de la siguiente manera: [matemáticas] log2FC = log2 (B) -log2 (A). [/ math] Has informado los niveles de expresión promedio pero no has indicado nada sobre tu experimento (microarrays / RNA-seq) o trajes de análisis (Bioconductor, Limma, gemelos … etc.), por lo que mi consejo es muy limitado y general.

Para obtener el cambio de pliegue: [matemática] FC = 2 [/ matemática] ^ [matemática] log2FC. [/ Matemática] Esto establece el límite de expresión diferencial entre los niveles de expresión génica. En este caso es [matemática] 2 [/ matemática] ^ [matemática] 1.83 = [/ matemática] [matemática] 3.555371 [/ matemática].

Eso significa que un gen está regulado si su expresión es [matemática]> +3.5 [/ matemática] y está regulada negativamente si su expresión es [matemática] <-3.5 [/ matemática]. La regulación ascendente / descendente en este contexto está relacionada con los niveles de expresión génica en las condiciones que se comparan.

Ese cálculo es incorrecto.

Log 2 (280.2) = 8.13

log 2 (302.1) = 8.24

Log2FC = log2 (B) – log2 (A) = 8.24–8.13 = .11

El registro inverso de .11 = 1.078, lo que significa que la expresión génica de la condición B es aproximadamente un 8% más alta que la de la condición A

Eso no es correcto Tome el valor transformado log2 de cada media y reste uno del otro. Esto le dará el cambio de registro de plegado.

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Este artículo se mete en la carne … buena suerte

Tiene una respuesta bastante buena, pero solo una cosa que me gustaría decir si sus datos de RNA-Seq solo significan la expresión entre los controles y el tratamiento de las condiciones en las muestras no es la forma correcta. De lo contrario, las definiciones de log FC y regulación ascendente y descendente son bastante detalladas para usted. Comparta algo de luz sobre qué tipo de datos está utilizando.

Puede haber un par de columnas en las que se normalizaron los datos. Eso debería darle el cambio de plegado de acuerdo con las fórmulas dadas por otros. Si no, no tengo idea de cómo obtener el cambio de log2 fold que está obteniendo.