No soy un experto en MD, pero que yo sepa no hay necesidad de realizar simulaciones de MD para verificar la estabilidad de la proteína. No tengo claro cuáles son sus intenciones, pero lo que puede hacer es visitar los siguientes sitios si es solo para verificar la estabilidad:
Predecir el efecto de las mutaciones sobre la estabilidad de la proteína.
Cálculos de energía libre de mutaciones.
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Esto lo ayudará a calcular los cambios de energía libre y, por lo tanto, le dará una idea sobre la estabilidad.
Las simulaciones MD lo ayudan a verificar la estabilidad de la proteína con el tiempo, puede instalar GROMACS en su sistema Linux (no funciona para Windows) y seleccionar un campo de fuerza compatible como CHARMM, OPLS para ejecutar la simulación. Luego equilibras la proteína con las condiciones de la caja dentro de cierta geometría y parámetros como presión, temperatura, volumen fijo y luego comienzas tu carrera de MD. Para una carrera de trail, puede comenzar con 50ns y comprobar qué le está sucediendo a su proteína usando VMD – Visual Molecular Dynamics. Para obtener una información completa sobre los comandos, puede consultar Lysozyme in Water, que es como una guía para principiantes.
VMD – Visual Molecular Dynamics tiene un conjunto completo de herramientas de análisis que lo ayudan a analizar el resultado de su trayectoria de tiempo de la ejecución de MD que se ejecuta tanto en Linux como en Windows. Junto con esto, también puede visitar Tutoriales – Gromacs, que también tiene un conjunto completo.
