Que yo sepa, AutoDock solo se refiere a la unión de ligandos pequeños a proteínas, lo que es inútil para observar la formación de complejos de proteínas.
Probablemente el mejor software de acoplamiento disponible para observar la formación de complejos de proteínas en este momento es HADDOCK (DOCKing de proteína-proteína impulsada por alta ambigüedad), creado con el genio del Dr. Alexandre Bonvin. Esto es relativamente experto en predecir la formación de complejos de proteínas a partir de estructuras 3D de proteínas, como lo demuestra su fuerte desempeño en CAPRI: Evaluación crítica de la predicción de interacciones (CAPRI HOME)
GROMACS es un software de modelado molecular que se utiliza principalmente para observar los movimientos y la dinámica de las proteínas, pero se puede utilizar como una técnica complementaria para el acoplamiento de proteínas. Normalmente, el acoplamiento de proteínas utiliza modelos rígidos para disminuir los grados de libertad disponibles (y hacer que el algoritmo sea computacionalmente rápido). Al usar un programa como GROMACS, se puede permitir que los modelos potenciales se muevan y adopten conformaciones más favorables, mejorando la detección de interacciones proteína-proteína.
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