Dependiendo de lo que entiendas por modelado molecular.
Si está interesado en estudiar cómo las moléculas interactúan con las proteínas para descubrir u optimizar nuevos ligantes / ligandos para esa proteína, entonces tiene tres opciones principales en estos días;
MOE y las herramientas que contiene CCG. Grupo de Computación Química
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Maestro, y las herramientas que contiene de Schrodinger. Schrödinger
Las herramientas de OpenEye. Química y modelado molecular
Todos estos están disponibles para una o más distribuciones de Linux. En aras de la divulgación completa, trabajo para OpenEye.
Si está interesado en la simulación molecular, entonces, junto con las herramientas comerciales de Schrodinger y CCG, hay algunas buenas herramientas gratuitas y / o de código abierto como NAMD, LAMMPS y Amber, que acaban de lanzarse este fin de semana. La nueva versión de Amber no se puede descargar gratuitamente, pero requiere una licencia de UCSF, que puede ser gratuita o no, dependiendo de dónde trabaje.
si está interesado en modelar reacciones químicas o estimar propiedades de moléculas que no son fácilmente accesibles por experimento, entonces estaría más interesado en herramientas de mecánica cuántica como el ya mencionado GAMESS, así como PSI4, Gaussian (que NO es gratis), ORCA, NWCHEM etcétera etcétera.
