En primer lugar, no siempre tienen esa longitud, especialmente para aplicaciones especializadas de PCR.
No soy un experto en química de PCR, pero esos ~ 20 bps son los límites de especificidad que podrá obtener haciendo una PCR. Un poco más y estás aumentando la probabilidad de problemas con estructuras secundarias, auto-recocido, etc. Dicho esto, las personas realizan PCR con cebadores de más de 100 pb de largo cuando intentan introducir una secuencia en los extremos.
Un poco más corto, y estás sacrificando la especificidad, aunque si puedes obtener una buena especificidad en una secuencia más corta, funcionará bien (los RAPD usan hexamers, por ejemplo).
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Los pares de bases más cercanos al extremo 3 ‘son los más importantes (especialmente el primero); puedes visualizar esto fácilmente; la polimerasa solo necesita comenzar desde ese último par de bases. El otro extremo de la imprimación puede aletear. La falta de coincidencia de pares de bases en realidad se aprovecha regularmente para inducir mutaciones o permitir el cebado de secuencias relacionadas.
Aquí, esta figura explica lo que estoy tratando de decir:
http://slideplayer.com/slide/108…
