1. Aprende a clonar. Hay muchos recursos en Internet, pero lo señalaré en http://openwetware.org/wiki/Arki… de mi asesor.
2. Las habilidades de presentación también son una gran parte de iGEM. Definitivamente estar familiarizado con Adobe Illustrator (para hacer figuras) es un plus
==== Editar con algunas ideas más =====
Algo a tener en cuenta es el análisis de costo / beneficio y usarlo como motivación para hacer muchas cosas en paralelo y lanzar esos pequeños experimentos adicionales que podrían decirle mucho sobre su sistema. Por ejemplo, supongamos que está haciendo 5 PCR y 1 de ellos falló. En lugar de intentar solucionar problemas en serie, debe probar muchas cosas a la vez (pruebe diferentes polimerasas, pruebe diferentes Tms). Otro ejemplo sería que no sabe cuánta proteína particular necesita (su diseño inicial siempre supondrá que tiene niveles perfectos de esa proteína, esto casi nunca es el caso), por lo que podría 1) clonar el gen después promotores de fuerza conocida 2) clonarlo después de un promotor inducible como Pbad o 3) clonarlo en plásmidos de varios números de copia o 4) hacer una biblioteca rbs y seleccionar> 24 clones para analizar.
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La clave para recordar es que la clonación lleva mucho tiempo. Es su tiempo lo que termina siendo costoso, no los reactivos (suponiendo la clonación estándar). Por lo tanto, en general, trate de encontrar las suposiciones que podrían hundir su barco y realice experimentos paralelos para asegurarse de que no lo hagan. Desea fallar temprano y fallar a menudo. Cuanto antes falle (descubra que algo está mal), antes podrá redirigir y hacer que realmente funcione. Por lo tanto, vale la pena invertir esos pequeños experimentos adicionales que pueden probar sus suposiciones básicas y ayudarlo a fallar antes.
Siempre piense en caminos alternativos hacia su objetivo final. Y piense en cuál es realmente su objetivo final. A menudo no es “mostrar X usando las partes Y y Z”. Es simplemente “mostrar X usando cualquier parte que funcione”. La evolución encuentra respuestas a los problemas mediante el muestreo de la diversidad. Ese es el enfoque que debe adoptar también para “mostrar X”, hacer una búsqueda en la literatura y encontrar todos los componentes que podrían utilizarse para construir un sistema para “mostrar X”.
Los números realmente pueden importar también. ¿Es simplemente “mostrar X” o “mostrar X con un 99% de eficiencia”? Si es así, es posible que deba cuantificar cada una de las piezas individuales de su sistema y definir métricas de corte para lo que es “suficientemente bueno”.
Otros consejos fuera de mi cabeza:
1) Si está haciendo una PCR y una subclonación, intente clonar en un vector con un reportero de GFP como fondo. Básicamente, cortarías el gen GFP y lo reemplazarías con tu ADN. De esa manera, cuando inspecciona colonias en la placa, puede detectar colonias no verdes y saber que contienen su inserto.
2) Nuestro flujo de trabajo de PCR estándar es: intente una vez con Phusion o Expand, pruebe la solución de problemas del fregadero de la cocina, rediseñe los cebadores o cuestione el material de su plantilla (¿demasiado complejo? ¿ADN degradado?)
3) Desarrolle software u hojas de cálculo para realizar un seguimiento de las muestras. Hay demasiada incertidumbre en la biología molecular tal como es. No permita que su holgazanería en los tubos de etiquetado o que tenga un buen sistema de seguimiento de muestras aumente esa incertidumbre.
4) En la misma línea, intente racionalizar y estandarizar los flujos de trabajo. La PCR, digerir, ligar, transformar, miniprep es un buen ejemplo. Desarrolle su propia rutina y SIEMPRE manténgala. De esa forma, nunca olvidará un paso clave y podrá realizar un seguimiento mental de las eficiencias aproximadas (esos porcentajes de éxito de los que habla Christopher VanLang) de cada paso y sabrá lo antes posible si no se ve bien.
5) Controles. Los controles ayudan a familiarizarlo con las limitaciones de un nuevo protocolo y ayudan a desacreditar las suposiciones falsas que hizo durante el diseño. Puede ver un efecto cuando ejecuta la muestra experimental, pero si también lo ve en la muestra de control, sugiere fuertemente que no se debe al mecanismo que cree. SIEMPRE piense en los controles positivos y negativos que podría ejecutar para solucionar problemas de su protocolo o su diseño.
6) Conozca y use soluciones para mejorar la productividad. Un ejemplo es el colector de vacío (lo llamamos el cerdo) para hacer minipreps. Otra sería usar la pipeta multicanal. Siempre pregúntese a sí mismo o a las personas más experimentadas “¿cómo puedo hacer esto mejor / más rápido?”
7) Marcadores visuales. Digamos que está pipeteando una mezcla maestra en 10 tubos. Después de haber pipeteado en un tubo, muévalo hacia arriba un punto en su rejilla para tubos. De esa manera, puede realizar un seguimiento de los tubos en los que ya ha pipeteado.
www.bitesizebio.com a menudo tiene discusiones y artículos en esta línea.
8) No holgazanear durante los tiempos de incubación. Esa espera de 30 minutos para que las enzimas se digieran NO ES para que usted vea Facebook. Podría estar configurando el próximo experimento o respondiendo preguntas sobre quora 😉 Encuentre un temporizador múltiple y úselo. Yo personalmente uso http://skwire.dcmembers.com/fp/?… ya que me gusta etiquetar cada temporizador y sabré automáticamente qué hacer cuando aparezca el cuadro de notificación. El cerebro humano solo puede realizar un seguimiento de aproximadamente 4-6 cosas (creo) a la vez en la memoria a corto plazo. Desarrolle técnicas para facilitarle las cosas a medida que el contexto cambia su cerebro de un experimento a otro.
9) Sea un buen invitado en el laboratorio. Sé amable con los estudiantes de posgrado. Pregúnteles si quieren ayuda para hacer reactivos comunes. Asegúrese de decirles si algo se está agotando. ¡No los cabrees! Deja las cosas más limpias de lo que las encontraste.
10) Tener reuniones productivas. Muchas reuniones terminan con una lista de acciones, pero nadie es responsable de ellas. Voluntario para cuidar los elementos de acción a medida que surjan. Haga que alguien sea un escriba y tome notas de lo que debe hacerse en la próxima reunión. Hazte responsable.
11) Mantenga una lista diaria de tareas. Al final de cada día, escriba lo que debe hacer mañana dirigido a Future You. De esa manera, cuando vienes por la mañana, no hay retraso en averiguar lo que tienes que hacer. Pasado Ya se ha tomado el tiempo de escribir una nota agradable que enumere lo que debe hacerse.
12) Y lo más importante, piense en lo que quiere obtener de iGEM. ¿Es para tener una idea de cómo sería la escuela de posgrado? ¿Es para tener una idea de lo que es la biología sintética? ¿Es para trabajar en un proyecto de ciencia en equipo? Piensa activamente y busca la información y las experiencias que deseas.
