Que yo sepa (y eso no es mucho), ninguna de las pruebas se simplificó hasta el punto de hacerla mucho más accesible para los no expertos. Ha habido mucha actividad en torno a la prueba de la conjetura de Taniyama-Shimura-Weil, que es el corazón de la prueba original de Wiles; la conjetura ahora se prueba en generalidad completa, y es posible que se haya escrito de manera más eficiente, pero no sé si (o cualquier otra prueba que haya surgido) esté “simplificada” en algún sentido significativo.
(algunos detalles sobre la prueba de la conjetura completa están aquí: http://www.ams.org/notices/19991…).
La otra parte de la prueba, que el teorema de modularidad implica FLT, también está muy lejos de ser simple, y fue originalmente probado por Ken Ribet. Aquí tampoco conozco ninguna simplificación dramática.
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Es posible que FLT se vuelva a probar de una manera completamente diferente, tal vez de manera más simple. Por ejemplo, una prueba de la conjetura abc implicaría que FLT es verdadero para exponentes suficientemente grandes. Tal prueba, sin embargo, actualmente parece estar fuera de alcance.
La prueba de la conjetura de Poincare es mucho más reciente y todavía hay espacio para esperar que se simplifique considerablemente. No creo que esto ya se haya logrado.