¿Cómo sabemos que los virus están de hecho evolucionando?

Como dice Jelle Zijlstra, lo observamos. Por ejemplo aquí:
O a mayor resolución aquí:
O aquí:
Estas observaciones y muchas, muchas, muchas más como ellas son imposibles de explicar sin invocar la evolución por selección natural.

Por supuesto, la evolución moderna no solo implica la selección natural, por lo que también puede mirar aquí (virus de la influenza – NCBI) las aproximadamente 250,000 secuencias del genoma de la gripe que están disponibles públicamente y tenga en cuenta que prácticamente cada instancia en esas 250,000 secuencias demuestra la evolución por neutral deriva.

(Imagen superior e inferior de la filodinámica viral; imagen media de la dinámica de metapoblación estructurada temporalmente y la persistencia del virus de la influenza A H3N2 en humanos; pero, por supuesto, cualquiera puede construir fácilmente sus propios árboles similares utilizando las bases de datos públicas).

Lo observamos Esto está bien documentado en el VIH, que aparentemente evoluciona dentro del cuerpo contra el sistema inmune ( http://isites.harvard.edu/fs/doc …). Del mismo modo, el virus de la gripe evoluciona continuamente, razón por la cual hay nuevas cepas de gripe cada año.