¿Cuáles son algunos organismos en los que un codón se decodifica en un aminoácido que no encaja de la forma en que generalmente se decodifica en eucariotas?

Una suposición implícita en la pregunta es que el código genético eucariota es uniforme. Si bien es cierto si solo se considera la información cromosómica, uno de los orgánulos más importantes en cada célula, la mitocondria (responsable de la generación de ATP), tiene una traducción ligeramente diferente de los codones, mientras que las proteínas se generan a partir del ADN mitocondrial (la información no cromosómica se transfiere a la madre) . Existen teorías evolutivas que consideran la célula eucariota como una simbiosis de organismos arcaicos. De acuerdo con esto, la mayoría de los otros organismos con códigos genéticos no estándar son organismos simples y evolutivamente antiguos (hongos, bacterias, arqueas). Aun así, el ribosoma es evolutivamente una de las unidades funcionales mejor conservadas, por lo que los códigos no estándar anteriores no son tan diferentes de la tabla de codones mencionada anteriormente.

Hay una buena lista de organismos con códigos genéticos no estándar (con referencias) en la página wiki citada anteriormente: http://en.wikipedia.org/wiki/Gen…

Por otro lado, hay una ligera probabilidad de que el ribosoma cometa errores durante la traducción (aproximadamente 1 de cada 10 ^ 4 aminoácidos, ver wikipedia). Si bien esto no constituye un código genético alternativo debido a su estocasticidad, es un hecho interesante que las estructuras de proteínas grandes como los ribosomas, virus, etc., en lugar de estar hechas de proteínas grandes individuales están hechas de muchas proteínas más pequeñas. Esto reduce la probabilidad de que un error durante la traducción afecte significativamente la estructura finalmente formada. La mayoría de las proteínas tienen unos pocos cientos de aminoácidos (~ 10 ^ 2), por lo que por cada 100 copias de proteínas producidas, a lo más un puñado tiene errores. Este modelo de autoensamblaje de unidades capaces a estructuras más grandes filtra pasivamente los errores que podrían cambiar significativamente la función de una proteína. Por lo tanto, los errores de traducción aleatoria son mucho menos importantes que las mutaciones genéticas o los errores a nivel de ARN de la degradación, etc.