¿La biología de sistemas no es más que biología molecular basada en big data?

Es una perspectiva, y en mi opinión, una válida, especialmente teniendo en cuenta que muchos documentos de biología de sistemas son volcados de datos gigantescos e inútiles (diría que una ligera mayoría).

El campo está madurando y he visto algunos documentos de biología de sistemas realmente buenos que rompen el molde. Desde mi punto de vista, necesitas:

  1. Reconocer las limitaciones de algunas investigaciones como construcción de bases de datos.
  2. Utilice esas bases de datos para la minería de datos (en el sentido más figurativo, es decir, encontrar pequeños patrones dentro de la imagen más grande)
  3. Responda preguntas que no podría tener con la biología tradicional de un solo gen. Una vez más, un buen ejemplo es la minería de datos. Pero también he visto algunos buenos estudios de agrupamiento. Una fortaleza clave de estos es que están basados ​​en hipótesis .
  4. Valide sus hallazgos o busque apoyo independiente. ¡Esto generalmente se hace con la biología tradicional de un solo gen! Probablemente el mayor fracaso de mucha investigación. Están plagados de diseño y estadísticas mediocres y están llenos de falsos positivos sin clasificar.

Absolutamente no. Big data solo entra en la imagen tangencialmente. La biología de sistemas es el estudio de la biología como un sistema complejo, y el enfoque original fue un intento de alejarse y diferenciarse de los enfoques reduccionistas de la biología y avanzar hacia un enfoque más holístico. En lugar de aislar y profundizar en partes de la biología para comprender cómo funciona un gen / proteína / célula, la biología de sistemas intenta estudiar las interacciones en un sistema complejo. Esto es en gran medida una falsa distinción, y cada vez más a medida que todos los biólogos quieren encontrar respuestas a sus preguntas por cualquier medio.

Big data es un subproducto de tratar de capturar resultados complejos, pero no es ni la pregunta ni la respuesta al problema que se está estudiando, es más como un cuaderno de laboratorio actualizado. En casi todas las cosas, y la biología no es una excepción, la máxima “basura adentro, basura afuera” es cierta. Recopilar y analizar más datos no es inherentemente superior. Los experimentos bien diseñados y bien controlados para abordar la hipótesis son de mayor importancia que la cantidad de datos recopilados. Si la cantidad de datos generados es grande, entonces se necesitan nuevas herramientas para procesar y dar sentido a los datos, pero sigue siendo útil solo en el contexto del experimento y su diseño. Hay y seguirá habiendo preguntas de biología de sistemas que no requieren grandes datos y donde la recolección de más datos sería inútil (esencialmente recolectando ruido), por lo que, por todas esas razones, la biología de sistemas es más que la biología molecular impulsada por grandes datos.

La biología de sistemas ha existido por mucho más tiempo que la biología molecular y difícilmente lo llamaría “nada más”. El estudio de los sistemas se basa en el conocimiento de cómo las partes integradas funcionan juntas, así como los componentes individuales. La biología molecular es la última forma de biología reduccionista y, como tal, se pierde la perspectiva del todo.

Básicamente es también bioinformática. Yo diría que es un subcampo. Y abajo está la física.