Primero, solo algunos tipos de metilación de histonas impiden la transcripción; La metilación de algunos aminoácidos en algunas proteínas histonas en realidad activa la transcripción.
Agregar un grupo metilo a una cola de histona (las colas son las piezas de las proteínas de histona que sobresalen de la estructura principal de nucleosomas) cambia la forma de la estructura de la cola. Este cambio de forma permite que las proteínas con formas complementarias se unan a la cola de la histona y bloquea las proteínas con otras formas. Algunos tipos de metilación permiten que las proteínas se adhieran a la histona que puede abrir la estructura de la cromatina, o realizar otras funciones que ayudan a activar la transcripción. Otros tipos de metilación de histonas reclutan proteínas represoras que pueden cerrar la cromatina, o metilar el ADN cercano, o realizar otras funciones que impiden la transcripción génica.
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