El problema comienza con el esqueleto de fosfato. Si observa una estructura, verá que hay un fosfato negativo entre cada ‘peldaño’ de la escalera de ADN. Algo se quedará allí, y en las células vivas, será el magnesio.
Además, hay un magnesio que une los fosfatos en el nucleótido trifosfato entrante (el nuevo grupo que la ADN polimerasa va a agregar). Los iones difieren entre sí en términos de exactamente qué tan grandes son y qué tan cargados están.
El ADN con iones de manganeso o iones de potasio u otros iones tendrá una forma diferente que con el magnesio. No es muy diferente, pero como probablemente haya escuchado, las enzimas se preocupan apasionadamente por la forma de sus sustratos. El Mg ++ en el nucleótido entrante es particularmente crítico; DNA pol tiene que coordinar un ataque usando un 3 ‘OH existente en el alfa fosfato del NTP entrante, y el Mg ++ es bastante importante para moldear eso y salir con gracia con el difosfato liberado (PPi)
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