Como es de esperar, el nivel sigma de un mapa de densidad electrónica se refiere a la desviación estándar.
Después de tomar una transformación de Fourier de sus datos y refinarla a través de una variedad de métodos para encontrar las fases, le queda un mapa de densidad de electrones ρ (x, y, z), que describe la intensidad de la densidad de electrones en cada punto en espacio real Esto refleja el hecho de que las regiones en el espacio con una mayor densidad de electrones dispersarán más rayos X, aunque esto no es lo que se mide directamente. Una vez que se calculan la media y la desviación estándar (σ) de la intensidad en todo el mapa, la intensidad de cada punto en ρ (x, y, z) se puede describir en unidades de desviación estándar (σ) alejadas de la media.
El “nivel sigma” al que se refiere es el nivel de contorno o el punto de corte en la intensidad de cualquier representación 3D particular de la densidad electrónica representada en unidades de desviación estándar. Por ejemplo, un nivel sigma de 1 mostraría densidad solo para valores en ρ (x, y, z) que tienen intensidades mayores que una unidad de desviación estándar por encima de la media. Bajar el nivel de sigma le dará un mapa 3D con más densidad, pero si es demasiado bajo, no estará seguro de que lo que está viendo es densidad de electrones real y no ruido y será más difícil adaptar su molécula a él. Elevar el nivel sigma reducirá el ruido, pero si lo eleva demasiado, eliminará algunos de sus datos reales y verá brechas en la densidad en las posiciones donde los átomos reales tuvieron intensidades medidas inferiores al nivel sigma. Las porciones flexibles de la proteína, incluso cuando se cristalizan, serán las primeras regiones de la densidad de electrones que irán a medida que se eleve el nivel sigma. Por supuesto, el nivel sigma solo refleja cambios cosméticos en lo que ves en la pantalla; su conjunto de datos completo con las intensidades para cada punto no se ve afectado. Los niveles de contorno son solo una forma conveniente de representar una dimensión adicional de intensidad en el espacio tridimensional.
- Según la naturaleza de los electrones, ¿cuál es la razón por la cual las órbitas de mayor energía pueden tener más electrones que las órbitas de menor energía?
- ¿Cuál es el mejor libro de química física para JEE Mains and Advanced?
- ¿Cuál es más polar: H2O o CH3OH?
- ¿Es el H2O una molécula polar?
- Cómo comparar compuestos iónicos y energías reticulares en diferentes períodos / grupos
A continuación se muestra la densidad de electrones para la celda unitaria RNasa A (visualizada en Coot) en cuatro niveles de contorno diferentes en unidades de desviación estándar por encima de la media: 0.5σ, 1σ, 2σ y 3σ.
