MarvinSpace [1] es un software propietario, por lo que es difícil saber el algoritmo exacto que utiliza. Supongo que usa un sistema similar a OMEGA. [2] OMEGA calcula las conformaciones de moléculas pequeñas muy rápidamente (puede mapear casi por completo la parte de baja energía de la superficie de energía potencial en aproximadamente 2 s) transformando el problema 2D a 3D de la optimización de una gran cantidad de variables geométricas continuas a la optimización de un pequeño número de discretos Esto se hace creando un diccionario de geometrías conocidas de fragmentos de la molécula basado en estadísticas de estructura cristalina. Restringir la búsqueda solo a estos valores reduce drásticamente el espacio de búsqueda. Se usa un procedimiento similar en el plegamiento de proteínas donde las cadenas laterales de la proteína están restringidas a las pocas conformaciones más comúnmente vistas. [3] Al igual que el plegamiento de proteínas, el espacio de búsqueda puede verse restringido aún más por la eliminación sin salida, que elimina rápidamente conjuntos de conformaciones que pueden ser inconsistentes con el mínimo global. [4]
¿Cuándo no funciona esto? Cuando la geometría de la molécula no puede describirse fácilmente por un pequeño número de valores discretos. Este método no puede plegar una proteína por este motivo.
- plataformas de química y aplicaciones de escritorio
- Generación de conformidad con OMEGA: Algoritmo y validación utilizando estructuras de alta calidad del banco de datos de proteínas y la base de datos estructural de Cambridge
- Puede ver estas conformaciones llamadas rotámeros en Pymol utilizando el asistente de mutagénesis (Mutagenesis – PyMOLWiki) y mutando el residuo a sí mismo.
- Teorema de eliminación de callejones sin salida
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