No estoy seguro de que eso se sepa definitivamente, en realidad. Supongo que la diferencia de longitud es por las siguientes razones (en eucariotas, al menos, hay algunas diferencias en procariotas que no abordaré).
Para que un ribosoma traduzca un mensaje (de forma dependiente de la tapa): la subunidad ribosómica pequeña debe “escanear” el 5 ‘UTR y los factores de iniciación asociados. Si el 5 ‘UTR es demasiado largo, entonces esto puede no suceder con éxito y el mensaje no se traducirá y no se producirá proteína. Esto lleva a una presión selectiva para que la longitud de 5 ‘UTR permanezca relativamente corta. Otra posibilidad es que sería ineficiente mantener tantos ribosomas atados escaneando un UTR realmente largo. Los ribosomas son la parte más costosa de ejecutar una célula y le corresponde a la célula usarlos de la manera más eficiente posible.
Los UTR largos de 5 ‘pueden evitar que se inicie la traducción por varias razones. Podría haber una estructura secundaria en el UTR que bloqueara el escaneo. Podría haber un uORF allí que eventualmente conduciría a que el mensaje fuera atacado por la desintegración de ARNm mediada sin sentido (NMD). La posibilidad de cada uno de estos aumenta con la longitud. Además, no está claro que la pequeña subunidad sea incluso capaz de escanear UTR de 5 ‘realmente largos incluso si tales impedimentos no estuvieran presentes.
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Sospecho que los UTR de 3 ‘son largos porque a) pueden serlo; no hay presión selectiva para mantenerlos cortos yb) albergan una gran cantidad de elementos de secuencia reguladora interesantes, como sitios de miARN, sitios de proteínas de unión a ARN, sitios de escisión alternativos, señales de localización. Además, se ha demostrado que la longitud 3 ‘UTR modula la estabilidad del ARNm a través de la ruta NMD. Creo que muchas de estas cosas son para ajustar dónde y cuánto ARNm está presente, así como el grado en que se traducen. Se sabe mucho sobre las señales presentes en el 3 ‘UTR, pero creo que queda mucho por aprender sobre ellas. Esta respuesta probablemente tendrá que actualizarse.
