Lo primero que pensé es que estás viendo algo que se empalma alternativamente. Es posible que esté amplificando dos isoformas de la misma transcripción, una de longitud “completa” y otra que es 300 pares de bases más corta debido al uso alternativo del sitio de empalme. Verifique las anotaciones del genoma de su gen y especie de interés para ver si esto es plausible.
Esto es tan probable como la amplificación fuera del objetivo de algo completamente no relacionado, y nunca podrá diagnosticar el problema sin secuenciar sus productos. Si tiene reacciones que le dan exclusivamente un producto u otro, use un kit de purificación de PCR en ellos y una estrategia de clonación independiente de la secuencia (clonación con proyección de TA si amplificó con Taq u otra polimerasa que agrega clonación As, roma o topo sin plantilla de otra manera ) para darle algo que pueda secuenciar sin usar sus cebadores de amplificación. Si solo tiene reacciones de RT-PCR con ambos productos presentes (no está claro a partir de los detalles de su pregunta, lo siento), purifique con gel cada fragmento y clon y secuencia como se indicó anteriormente.
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