Hay al menos dos genes que determinan el color de los ojos. El gen HERC2 codifica un pigmento negro parduzco llamado melanina y tiene un alelo marrón dominante y un alelo azul recesivo. Los ojos marrones contienen grandes cantidades de melanina, mientras que los ojos azules contienen poco o nada. Aparecen azules debido a la misma razón por la que el cielo es azul. Tiene que ver con la forma en que la luz se dispersa y refleja.
El gen gey codifica un pigmento amarillo y tiene un alelo verde dominante y un alelo azul recesivo. Los ojos verdes contienen grandes cantidades de pigmento amarillo, mientras que los ojos azules contienen poco o nada. El color verde es el resultado de la misma dispersión de luz que en un ojo azul, pero ahora se mezcla con el color amarillo del pigmento. Cuanto menos melanina de color marrón tenga el ojo, más verde aparecerá. Los ojos color avellana son el resultado de melanina marrón y pigmento amarillo en el ojo.
Si tiene los ojos verdes, es probable que tenga dos genes HERC2 recesivos y al menos un gen gey dominante. La mayoría de los bebés nacen con ojos azules que se oscurecen con el tiempo a medida que se hacen más pigmentos.
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