Tengo entendido que estas secuencias son difíciles de estudiar porque son muy repetitivas, y en el ámbito de NGS, donde las lecturas cortas están alineadas con el genoma, las secuencias que son altamente repetitivas son extremadamente difíciles / imposibles de asignar de forma exclusiva a un lugar en particular en el genoma
Este problema básico de mapeo hace que estas secuencias sean difíciles de ver / rastrear / alinear entre especies, y muchos investigadores simplemente descartan o enmascaran regiones repetitivas, ignorándolas por completo, ya que crean un dolor de cabeza.
Conocer la secuencia y la ubicación de un gen en particular es el punto de partida para estudiar la función del gen. A menudo, un primer paso es “eliminar” el gen recién descubierto del genoma y ver qué sucede. ¡Con suerte solo hay una copia del gen, y no está funcionalmente compensada! Con los retrotransposones, no solo tiene el dolor de cabeza de las secuencias repetitivas que bloquean efectivamente su visión del genoma, sino que también tiene que lidiar con la posibilidad de que el transposón se haya insertado en varios lugares, por lo que eliminar la ubicación que encontró puede no funcionar ¡nada si hay cuatro más!
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descargo de responsabilidad: no estudio elementos repetitivos
