Realmente no lo sabemos. Ese es uno de los grandes misterios sin resolver de la biología. Los investigadores están trabajando en este problema desde diferentes ángulos, pero es muy difícil descubrir algo que sucedió hace 4 mil millones de años.
Sabemos que los procesos físicos y químicos del tipo que estaban ocurriendo en la Tierra primitiva naturalmente producirían los bloques de construcción de aminoácidos necesarios, pero más allá de eso todavía estamos tratando de resolverlo.
Lo mejor que podemos hacer es tratar de formular hipótesis de cómo podría haber sucedido, en base a lo que sabemos de la química de las proteínas y sus constituyentes de aminoácidos, y luego tratar de reproducir lo que creemos que fueron las condiciones ambientales de la Tierra temprana en un laboratorio y ver si podemos hacer que el proceso suceda de manera observable y repetible. El proceso probablemente involucró lípidos, ARN o algún tipo de matriz de arcilla además de los aminoácidos, pero nadie está completamente seguro de cuál.
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Los científicos todavía están trabajando en ello.