Escribo esta respuesta en base a lo que he observado con estudiantes que usan dinámica molecular.
Sí, muchos estudiantes lo tratan inicialmente como una caja negra. Especialmente con la disponibilidad de paquetes de software que son bastante fáciles de usar, casi cualquier persona puede hacer algunos tutoriales y comenzar. Incluso los estudiantes de pregrado pueden ser muy productivos con algunos conocimientos básicos de bioquímica, Linux y un poco de orientación en el diseño de proyectos.
Desafortunadamente, esto no puede continuar por mucho tiempo. Especialmente si eres un estudiante graduado. En algún momento tendrá que modificar el código. Es posible que deba volver a escribir algunas partes del código para un cálculo eficiente, es posible que desee agregar un término potencial adicional. Si desea probar un nuevo método de muestreo, deberá codificarlo.
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Entonces, en mi opinión, es muy difícil graduarse tratando estos paquetes de software como una caja negra. Pero estoy casi seguro de que algunos estudiantes se las arreglan, como en cualquier otro campo.