Cuanto más pequeña sea una población, más probable es que tenga casos de endogamia. Para cada especie hay algún tipo de límite inferior por debajo del cual la población se vuelve demasiado pequeña para sobrevivir con éxito a largo plazo. Ese límite es diferente para cada especie (y también teórico).
Además, la endogamia no es algo malo en sí mismo. Si bien facilita que las mutaciones degenerativas arraiguen en una población, también hace lo mismo para las mutaciones beneficiosas. Si suponemos que las mutaciones ocurren al azar, entonces las mutaciones beneficiosas probablemente ocurrirán con menos frecuencia que las mutaciones perjudiciales. Pero las personas con mutaciones beneficiosas sobrevivirán con mayor frecuencia y por más tiempo, por lo que, en las condiciones adecuadas, la endogamia en realidad puede ayudar a una población.
Mucho en ese escenario depende de la tasa de reproducción y mutación en una especie. Las poblaciones que se reproducen bastante lentamente con cada generación requieren poblaciones más grandes para poder sobrevivir a largo plazo que las especies que tienen muchas crías sobrevivientes.
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