¿Hay alguna manera de hacer que los árboles filogenéticos sean más legibles?

Teóricamente, no debería ser difícil generar un árbol en un formato en el que las etiquetas (nombres de especies) estén en HTML o que el usuario pueda editarlas. No conozco ningún script que lo haga, y nunca lo he visto hecho, pero es posible. Lo mismo para etiquetar ramas y nodos.

El problema es con qué reemplazará los nombres científicos. Todos los vertebrados tienen nombres comunes. Las mariposas y la mayoría de los odonatos también los tienen. Pero fuera de eso, solo las especies y géneros carismáticos tienen nombres comunes. Muchas familias de escarabajos no tienen ningún nombre común. No empecemos con las especies priapulidas. Los briozoos se ven todos iguales. Papá piernas largas se refiere a la araña fócida, opiliónidos y una familia de moscas. Simplemente no es práctico a nivel de especie .

Pero para los árboles generales que muestran relaciones entre familias, supongo que se puede hacer. Luciérnagas en lugar de Lampyridae, por ejemplo. Pero estos tendrían que hacerse exclusivamente para el público laico.

Una cosa que se usa comúnmente son los dibujos simples de los organismos al lado de las etiquetas, pero estos pueden estar bastante desordenados y tampoco funcionarían a nivel de especie.

Debería ser bastante fácil, pero requeriría algún conocimiento previo sobre los taxones que está viendo y posiblemente un poco de programación.

La imagen que está viendo no es modificable, pero la mayoría de los programas de visualización de árboles (los más populares, como Figtree y Archaeopterix) leen datos en forma de ‘archivos de árbol’. Estos son típicamente archivos de texto en la forma:

((especie-a: longitud de rama, especie-b: longitud de rama): longitud de rama, especie-c: longitud de rama)

Este archivo produciría el siguiente árbol (enraizado en el punto medio):

| ————– especies-c
– | | —- especie-a
| ——– |
| —– especie-b

con longitudes de ramificación internas dictadas individualmente en el archivo.

Los formatos de archivo más populares son PHYLIP, NEXUS, Newick y XML. La mayoría de los módulos ‘phylo’ (bioperl, biopython, R-phylo, etc.) son capaces de convertir entre estos formatos con facilidad y tienen algunas funciones básicas de edición (por ejemplo, edición de etiquetas de especies).

Entonces, si está dispuesto a aprender algo de CSS, html / XML y un lenguaje de secuencias de comandos, puede hacer casi todo lo que quiera.

De lo contrario, puede editar casi todo lo que quiera a mano en el programa Figtree, lo cual está bien si solo tiene unos pocos árboles para anotar.

Página en google.com

Salvo eso, hay una utilidad llamada newick_utils disponible para uso en la línea de comandos:

Newick Utilities: un conjunto de herramientas de shell para procesar árboles filogenéticos

¡Espero que ayude!

Puede colocar las ramas de la terminal a lo largo de un círculo, como por ejemplo la imagen (desafortunadamente probablemente desactualizada) en http://sandwalk.blogspot.com/201… .
Veo pocas posibilidades de mejorar la imagen de flickr (sabiendo sobre Grrlscientist, supongo que se trata de pájaros) que además contiene muchas otras informaciones (tectónica de placas, línea de tiempo explícita) que podrían romperse si se dobla en un círculo. Para fines de visualización, se puede jugar con representaciones interactivas en 3D, por lo que tienen más espacio para las ramas (en dimensiones más altas, las bolas tienen una cantidad cada vez mayor de su volumen cerca de la superficie). De lo contrario, en mi humilde opinión, la única posibilidad es dividir la imagen en varias partes o soltar ramas menos interesantes. El uso de un formato vectorial podría ayudar, por lo que las personas pueden acercarse a los detalles que desean ver.