Teóricamente, no debería ser difícil generar un árbol en un formato en el que las etiquetas (nombres de especies) estén en HTML o que el usuario pueda editarlas. No conozco ningún script que lo haga, y nunca lo he visto hecho, pero es posible. Lo mismo para etiquetar ramas y nodos.
El problema es con qué reemplazará los nombres científicos. Todos los vertebrados tienen nombres comunes. Las mariposas y la mayoría de los odonatos también los tienen. Pero fuera de eso, solo las especies y géneros carismáticos tienen nombres comunes. Muchas familias de escarabajos no tienen ningún nombre común. No empecemos con las especies priapulidas. Los briozoos se ven todos iguales. Papá piernas largas se refiere a la araña fócida, opiliónidos y una familia de moscas. Simplemente no es práctico a nivel de especie .
Pero para los árboles generales que muestran relaciones entre familias, supongo que se puede hacer. Luciérnagas en lugar de Lampyridae, por ejemplo. Pero estos tendrían que hacerse exclusivamente para el público laico.
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Una cosa que se usa comúnmente son los dibujos simples de los organismos al lado de las etiquetas, pero estos pueden estar bastante desordenados y tampoco funcionarían a nivel de especie.