¿El árbol filogenético estima la edad de los seres vivos?

No por si mismos.

Los árboles filogenéticos más detallados también proporcionan el grado de diferencia genética entre las ramas finales.

Eso, combinado con conocer la tasa de fijación de mutación promedio para las regiones de ADN utilizadas para generar el árbol filogenético, más la calibración contra el registro fósil, proporciona un tiempo de divergencia estimado de un antepasado común para cualquiera de los dos linajes en ese árbol.

Lo que a su vez proporciona la “edad” del linaje.

Las edades así proporcionadas son hipótesis comprobables. Su precisión depende de una serie de suposiciones (por ejemplo, que la tasa de fijación de la mutación para las mutaciones neutrales permanece constante a lo largo del tiempo) que las investigaciones independientes que se demuestran generalmente están cerca de ser correctas, pero no precisamente así, por lo que se trata de un rango de error.

Las hipótesis se pueden probar buscando y encontrando fósiles similares y estrechamente relacionados con el presunto ancestro común en los depósitos fósiles de la edad y el tipo correspondientes.

Un árbol filogenético utiliza rasgos (o falta de ellos) para agrupar los organismos. La ramificación ocurre cuando un rasgo se modifica / aparece / desaparece y ya no se comparte con todos los descendientes.

Si bien podemos estimar cuánto tiempo hace que se modificó un determinado rasgo (verificando la longitud de las ramas), esto nos da un estimado solo para ese rasgo. No es el organismo en sí.

Si sabe qué conjunto de características tiene cada organismo, entonces sabe que ese organismo específico no puede ser más antiguo que la presencia del rasgo más joven.

Espero que hayas entendido esta respuesta algo caótica