No es el caso de que ‘no podamos’ producir una nueva colección de cromosomas correspondiente al apareamiento simulado de dos personas. Más bien, no hay mucho que podamos aprender de él. Supongamos por un momento que podemos imitar con gran fidelidad todas las pequeñas peculiaridades bioquímicas que ocurren durante la meiosis, incluidos los cruces de cromosomas homólogos, cualquier evento epigenético, errores de repetición de trinucleótidos, etc. Incluso con una excelente simulación de un conjunto resultante de gametos para cada padre, nos faltan dos cosas muy importantes. Primero, no tenemos un mapeo de alta fidelidad para lo que todos y cada uno de los genes contra sus efectos bioquímicos, y mucho menos fisiológicos y anatómicos, todavía no estamos allí, seguro que hemos secuenciado el genoma humano (de varios individuos), pero El análisis de las vías biológicas sigue siendo un lío insoluble de bordes gráficos. En segundo lugar, realmente no tenemos los medios para procesar rápidamente el genoma completo de cada ser humano para que tenga un conjunto de datos inicial de incluso dos padres que * desee * analizar, bueno, al menos no es barato, por lo que su selección arbitraria de dos humanos tendría para ser respaldado con fondos. Entonces, la mejor respuesta que puedo darle es: Sí, claro: podemos crear este “nuevo ADN simulado de descendencia”. Literalmente es la manipulación de dos conjuntos de cadenas. Sin embargo, los datos resultantes, un nuevo set_of_sets_of_strings (supongo que cada conjunto de cadenas correspondiente a otro hermano) * * actualmente * desafortunadamente no tiene sentido.
¿Existe código para generar una nueva secuencia simulada de ADN de descendencia a partir de dos secuencias genómicas completas reales?
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simulateSeq.pl – Script PERL para simular la secuencia de NGS con
variaciones y lecturas de final emparejado (se admiten lecturas de extremo único); puede salir
Solexa, SOLiD, 454, 3730, std (sanger) todo tipo de lecturas de secuencia de formato y
Datos de calidad.
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