El porcentaje de similitudes en las secuencias de ADN que a menudo se arrojan tiende a ser difícil de interpretar. Si se dice que el ADN de dos grupos es X% similar, eso puede significar que X% de sus pares de bases de ADN son idénticos, que X% de su ADN codificador de proteínas es el mismo, que comparten X% de genes, o (esto se ve a menudo en las discusiones sobre la variación genética dentro de los humanos) que los dos grupos tienen el mismo sitio en X% de los sitios genéticamente variables comunes. Dichos porcentajes se vuelven aún más difíciles de definir cuando considera que las diferencias pueden surgir no solo de simples modificaciones a un par de bases (T se convierte en C, A se convierte en G), sino también de inserciones o deleciones de fragmentos de ADN.
Su pregunta parece referirse al porcentaje de genes compartidos. No pude verificar a simple vista que compartimos el 99.9% de nuestros genes con parientes cercanos como los chimpancés; el número parece alto, y es difícil determinarlo con precisión dado que ni siquiera sabemos con certeza exactamente cuántos genes tienen los humanos.
Pero incluso si los chimpancés tienen genes que corresponden al 99.9% de nuestros genes, eso no cuenta toda la historia: el contenido de estos genes (sus secuencias de ADN) también será diferente, y a tasas algo más altas. Estas diferencias probablemente explican una gran parte de las diferencias que observamos entre chimpancés y humanos (aunque los nuevos genes, sin duda, también juegan un papel).
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Su pregunta hace que parezca que la evolución está intentando desarrollar inteligencia humana en otras especies. No lo es; El efecto de la evolución es simplemente proporcionar pequeñas adaptaciones que hacen que una especie pueda prosperar mejor en su entorno. Evidentemente, una mayor inteligencia ayudó a que nuestros antepasados estuvieran más en forma, pero de ninguna manera está claro que este sea generalmente el caso. Hacer un cerebro más grande tiende a costar mucha energía, y tal vez esa energía se gasta mejor en algún otro propósito.