Hay dos partes en esta respuesta.
Todos los animales con un sistema nervioso central (por lo tanto, un cerebro) son bilaterianos: se caracterizan por tener simetría bilateral. Mírate en el espejo y notarás que tus lados izquierdo y derecho son simétricos, mientras que las mitades superior e inferior están completamente diferenciadas. Entonces, es natural que un cerebro también tenga una división simétrica. Puedes ver algo similar en los artrópodos, por ejemplo, que tienen cuerpos de hongos divididos (parte prominente del cerebro) de la misma manera. 
Eso responde por qué hay cerebros de dos hemisferios: es simplemente una consecuencia de la simetría bilateral. Pero está mal suponer que un cerebro de dos hemisferios está “favorecido por” la evolución, porque no está especialmente favorecido por él. Esta configuración cerebral de tener dos hemisferios cerebrales es exclusiva de los vertebrados y se ha mantenido debido a limitaciones filogenéticas y de desarrollo. Arriba puede ver un diagrama de dos cerebros de peces, y puede ver claramente la simetría bilateral. Nuestros cerebros de mamíferos son simplemente versiones arrugadas y reforzadas de ellos, y así es como obtuvimos nuestros dos hemisferios.
Pero una vez que te mueves fuera de los vertebrados, no obtienes nada como una disposición de dos hemisferios. Tienes cerebros con simetrías reflejadas, sí, pero no una disposición general de dos hemisferios. 
Por ejemplo, arriba puede ver el diseño general de un sistema nervioso de artrópodos. Es simétrico en todo el cuerpo, pero el cerebro en sí está compuesto por tres ganglios, en la siguiente imagen etiquetada como PC, DC, TC en el diagrama frontal. 
Esto es bilateralmente simétrico, pero de ninguna manera se trata de ser un cerebro con dos hemisferios: es solo un grupo de centros nerviosos conectados que llamamos un cerebro por conveniencia.
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Podría mostrarle lo mismo para los cerebros de otros grupos de invertebrados, pero el punto sigue siendo el mismo: los hemisferios cerebrales son una característica de los vertebrados; La simetría bilateral es la causa subyacente, y es universal para toda la Bilateria (excepto los bichos raros, como parásitos reducidos, bilaterianos basales y equinodermos sin simetría bilateral).
En cuanto a los animales con dos cerebros o más, ¿cuentan los artrópodos? Se podría decir que tienen un cerebro en cada segmento del cuerpo, si define el cerebro como ganglio. Los lóbulos centrales de la cabeza dan órdenes a los ganglios del cuerpo, pero los ganglios del cuerpo controlan el ejercicio. Es por eso que un insecto con la cabeza cortada seguirá haciendo lo que estaba haciendo antes de cortarlo: los ganglios del cuerpo no reciben nuevas órdenes, por lo que siguen moviendo las piernas de la misma manera.
