Solo para aclarar, voy a suponer que te refieres a dos ácidos, uno con un pKa de 2, el otro un pKa de 5. Los ácidos tienen pKa y cuando se disuelven, por ejemplo, en agua, afectan el pH.
Es posible la separación de sustancias ácidas con pKas significativamente diferentes. Por ejemplo, un fenol (pKa ~ 10) se puede separar de un ácido carboxílico (pKa ~ 5) disolviéndolo primero en un disolvente orgánico y luego extrayéndolo primero con una base débil como el bicarbonato de sodio. Esto convertirá el ácido carboxílico en la sal de sodio, haciéndolo soluble en agua. Terminará en la capa acuosa y el fenol permanecerá en la capa orgánica. Los dos ahora han sido separados. Vuelva a acidificar la fase acuosa y extráigala con un solvente orgánico. Los dos se han separado y ambos están en la forma original.
Ahora, en cuanto a tu mezcla. La diferencia en pKa es bastante pequeña, pero es posible que pueda usar un tampón de fosfato para formar primero la sal del pKa 2, y luego un segundo para el pKa de 5.
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Alternativamente, puede separarlos por cromatografía.