Bueno, según tengo entendido, la pleiotropía es cuando un gen influye en dos o más características fenotípicas que obviamente no están conectadas. Por lo tanto, puede interferir con la selección natural porque una presión de selección que actúa sobre una de esas características también afectará a la otra característica que está acoplada a ella, de manera que puede ser desventajosa y contrarrestar la tendencia de selección.
Sin embargo, Mendel no se preocupa realmente por la selección natural, solo por la selección no natural mediante cría deliberada. Podría encontrar que estaba obteniendo efectos secundarios extraños mientras se reproducía para una característica particular, pero a menos que los efectos secundarios fueran letales o esterilizantes, no le impediría tener éxito y no contradeciría su teoría básica.
Sin embargo, podría interferir con su teoría de la dominación. En general, lo que sucede con los genes dominantes y recesivos es que el alelo dominante produce algún químico que afecta el fenotipo. El gen recesivo produce menos, o no, o un químico alterado, pero una sola copia del alelo dominante produce suficiente cantidad del químico aún para generar el fenotipo normal, por lo que la presencia del gen recesivo es invisible a menos que haya dos de ellos. Si un gen es co-dominante, una copia única del alelo dominante y una copia única del recesivo produce un fenotipo intermedio entre las formas dominante y recesiva.
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Podría ser que un gen pleiotrópico pudiera tener un efecto dominante para una de las características que influye y recesivo para el otro, o co-dominante para uno y dominante o recesivo para el otro.