La transcripción es el proceso por el cual un organismo produce ARN a partir de una plantilla de ADN. Las ADN polimerasas son las enzimas responsables de la transcripción, y estas enzimas se unen a ciertas estructuras o secuencias que comienzan la transcripción. En la mayoría de los animales, este es el codón ATG, que es equivalente al codón AUG después de la transcripción. Esto se conoce como un “codón de inicio”. Del mismo modo, los “codones de parada” señalan el final de la transcripción en eucariotas.
El área entre estos codones de inicio y parada se denomina “marco de lectura abierto”. Cada marco de lectura abierto es un gen potencial predicho. Al contar el número de marcos de lectura abiertos, o ORF, se puede predecir cuántos genes tiene un organismo y cuántas proteínas hipotéticas produciría.
Nota: los procariotas usan una estructura llamada “bucle sigma” para detener la transcripción en lugar de un codón de detención. El bucle sigma se forma cuando la cadena sencilla de ADN a la que se une la polimerasa se pliega sobre sí misma debido a los ácidos nucleicos complementarios, formando prácticamente un segmento corto de doble cadena a partir de su cadena única. El bucle sigma saca la polimerasa de la cadena de ADN.
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Nota 2: los virus son mucho más difíciles cuando se buscan genes predichos. Han desarrollado todo tipo de técnicas para hacer que las polimerasas detengan la transcripción tempranamente, las polimerasas omiten porciones de genes durante la transcripción y producen genes a partir de ORF superpuestos.
