Esto sucede todo el tiempo en reacciones químicas. El ejemplo clásico es el dímero de benceno, que es una molécula estable débilmente unida por la dispersión de van der Waals. Si toma dos bencenos y alinea sus anillos exactamente en la misma orientación (lo que en química se llama configuración eclipsada) para hacer un emparedado, se podría considerar una coordenada de reacción que los separe perpendicularmente a los anillos. La optimización a lo largo de esta coordenada le brinda una estructura estacionaria, pero resulta que en realidad no es un mínimo verdadero; obtienes una estructura más estable girando cualquiera de los anillos 30 grados en lo que se conoce como una configuración escalonada.
No hay una razón particular por la cual el dímero de benceno sea especial; Resulta que es un sistema muy bien estudiado del que tengo conocimiento. Ver por ejemplo, http://comporgchem.com/blog/?p=161
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