El uso principal de PyMol es para la visualización de estructuras, no solo estructuras cristalinas, sino también de RMN, siempre que el archivo original esté en el formato correcto.
Aparte de eso, puedes:
- Mide distancias entre átomos (ve al Asistente> Medición)
- Haga mutantes hipotéticos y vea cómo esa mutación afectaría la estructura (vaya a Asistente> Mutagénesis)
- Calcule las cargas superficiales de una molécula de proteína, utilizando un complemento APBS
- Alinee al menos dos estructuras y vea si coinciden; si usa estructuras de proteínas homólogas, y si hay alguna diferencia en la estructura general, debería poder verlas con bastante facilidad (necesitará usar secuencias de comandos aquí: alinear , . No hay opción de GUI para esta)
- Colorea la estructura por los valores del factor B y observa qué áreas de la proteína son más flexibles / móviles que otras (para la molécula particular, ve a Color> por espectro> por factores B)
- Haga bonitas imágenes para publicación y videos para presentaciones
- Calcular área de superficie
Solo he enumerado los que he usado (excepto el último), estoy seguro de que hay muchos más. Puede consultar PyMOLWiki para obtener más complementos y usos asociados. Además, PyMol es mucho más útil y flexible cuando usa scripts en lugar de usar solo la GUI.
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Sería difícil hacer una lista de cosas que PyMol no puede hacer; Hay cientos de cosas que no puede. Si tiene una función específica en mente, tal vez debería preguntar eso y luego podemos averiguar si PyMol puede hacer eso o no.
No puede calcular el pI de las moléculas. Y no necesita usar PyMol para eso, hay muchos servidores en línea para ayudar a calcular el pI.
Espero que esto ayude.
