Los ácidos nucleicos forman diferentes formas en una solución química. Los factores que influyen en esto incluyen las secuencias de bases mismas, la concentración de sales, el pH y la temperatura. Las interacciones que tienen lugar en una población mixta de ácidos nucleicos (diferentes secuencias y longitudes) se verían aleatorias y caóticas si pudiéramos visualizarlas en tiempo real.
Lo pequeño es fuerte . Se diseñó un cebador de ~ 20 pares de bases para tener una complementariedad perfecta con una secuencia objetivo (mucho más grande que sí misma). Con suerte, se diseñó para minimizar la estructura secundaria, la tendencia a la unión automática (por ejemplo, una molécula que crea un bucle en sí misma o dos moléculas idénticas que se juntan de la cabeza a la cola). La complementariedad de secuencia permite patrones específicos de enlace de hidrógeno entre las bases nitrogenadas (A: T = 2; G: C = 3). Cuantos más enlaces secuenciales, más “fuerte” es el apego.
Grande es débil . Una vez que las hebras de ADN se han separado en solución por alto calor (~ 95 grados centígrados) y lentamente comienzan a enfriarse, pueden formarse uniones transitorias (o recocido) entre fragmentos más grandes de ADN monocatenario que no son completamente complementarios. Pero las regiones que no coinciden se irán derrumbando como los hombres que usan muchas empresas para la comercialización al aire libre. Los dúplex de ADN que caen se romperán más fácilmente cuando la temperatura se eleva o estéricamente dificultan la accesibilidad de una ADN polimerasa.
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