¿Cómo funciona la secuenciación profunda? ¿Qué puede hacer que las lecturas de secuencia no sean uniformes?

La secuenciación profunda funciona exactamente de la misma manera que la secuenciación normal, excepto que en lugar de preparar la cantidad de ADN que daría a cada base de 10-20 lecturas, seguimos con lecturas esperadas de 50x-500x que cubren cada base.

Entre otros factores, los grandes contribuyentes a la falta de uniformidad en las lecturas de secuenciación son los efectos de borde y el contenido de CG. En la etapa de mapeo, el mapeo no uniforme puede deberse a locus fuertemente polimórficos y elementos repetitivos. En general, lograr un buen mapeo de lecturas y resolución de artefactos es una tarea bastante elaborada que requiere herramientas especializadas y no es del todo sencillo.

Gracias por el A2A.

Estoy de acuerdo con Vivek Das en que se puede encontrar una explicación profunda de la secuenciación profunda en varios lugares con mucha facilidad. Aquí hay un enlace a un video publicado por el líder tecnológico Illumina. Adjunto una diapositiva de una presentación que hice hace un par de años sobre las tecnologías de secuenciación de próxima generación. Esto ilustra el paso de detección de la secuenciación por proceso de síntesis.

Su segunda pregunta fue “¿qué hace que las lecturas de secuencia no sean uniformes?”

La respuesta más simple : había un sesgo biológico o técnico que impedía el muestreo aleatorio de ácidos nucleicos de las células de interés .

Ejemplo biológico , el ADN se está descartando, como en la diferenciación de células sanguíneas por el linaje de eritrocitos. Pero el sesgo técnico es probablemente más común en la práctica.

Ejemplo técnico 1 de sesgo , aislando fragmentos de ADN unidos a una proteína de interés no distribuida uniformemente a través del genoma.

Ejemplo técnico 2 de sesgo , la amplificación excesiva de ADN por PCR conduce a aumentos exponenciales en el muestreo de los elementos repetitivos de alto número de copias del genoma en comparación con todo lo demás.