Se han identificado al menos cuatro tipos de recombinación natural en organismos vivos.
- La recombinación general u homóloga se produce entre moléculas de ADN de secuencia muy similar, como los cromosomas homólogos en organismos diploides. La recombinación general puede ocurrir en todo el genoma de los organismos diploides, utilizando una o una pequeña cantidad de vías enzimáticas comunes. Este capítulo se ocupará casi por completo de la recombinación general.
- La recombinación ilegítima o no homóloga se produce en regiones donde no se observa una similitud de secuencia a gran escala, por ejemplo, translocaciones entre diferentes cromosomas o deleciones que eliminan varios genes a lo largo de un cromosoma. Sin embargo, cuando se analiza la secuencia de ADN en los puntos de corte de estos eventos, en algunos casos se encuentran regiones cortas de similitud de secuencia. Por ejemplo, la recombinación entre dos genes similares que están separados por varios millones de pb puede conducir a la eliminación de los genes que intervienen en las células somáticas.
- La recombinación específica del sitio se produce entre secuencias cortas particulares (aproximadamente de 12 a 24 pb) presentes en moléculas parentales que de otro modo serían diferentes. La recombinación específica del sitio requiere una maquinaria enzimática especial, básicamente una enzima o sistema enzimático para cada sitio en particular. Buenos ejemplos son los sistemas para la integración de algunos bacteriófagos, como l, en un cromosoma bacteriano y la reorganización de los genes de inmunoglobulina en animales vertebrados.
- El tercer tipo es la recombinación replicativa , que genera una nueva copia de un segmento de ADN. Muchos elementos transponibles utilizan un proceso de recombinación replicativa para generar una nueva copia del elemento transponible en una nueva ubicación.
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