La agarosa es un polímero. Cuando haces un gel, lo que realmente haces es hacer muchas mallas como interconexiones, algo así como una red en todo el gel. Cuando el ADN pasa a través de estos con una diferencia de potencial, se separan según la facilidad de viajar a través del gel. Hay tres tipos de ADN plasmídico en gel. Supercoiled, formas circulares y lineales abiertas. Las formas superenrolladas ocurren naturalmente en la célula. Están superenrollados para facilitar el empaquetamiento apretado dentro de la celda. Las formas circulares abiertas se producen debido a la presencia de nick en cualquiera de las dos cadenas de ADN plasmídico. Las formas circulares abiertas siguen siendo circulares pero pierden su naturaleza superenrollada. El ADN lineal se forma cuando cortamos el ADN plasmídico con enzimas de restricción. En gel, el superenrollado funciona más rápido, ya que está muy apretado y, por lo tanto, tiene menos resistencia. El ADN lineal corre en segundo lugar al ADN superenrollado. Las formas circulares abiertas alcanzan el último puesto que pierde su forma superenrollada y es difícil moverse a través de la malla. Por lo tanto, obtenemos tres bandas distintas en gel.
¿Por qué el ADN plasmídico superenrollado migra a través de agarosa con la menor resistencia en comparación con la otra forma (por ejemplo, lineal)?
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El ADN superenrollado se forma cuando hay un exceso o un devanado de cadenas de ADN, básicamente es la expresión de la tensión en esa cadena.
¿Cómo el superenrollamiento cambia la conformación?
Vea en estas dos imágenes que tenemos un ADN circular superenrollado y un ADN lineal superenrollado:
ADN circular superenrollado
ADN lineal superenrollado
Como la electroforesis en gel de agarosa separa el ADN / ARN / proteínas en función del tamaño, donde las moléculas cargadas negativamente migran hacia el polo anódico (positivo).
Debido al enrollamiento, el tamaño del ADN se vuelve más pequeño; Ocupa menos espacio, lo que le permite moverse más rápido debido a la menor resistencia.
Ahora evidencia en apoyo !!
Ejecutar un ADN plasmídico en gel
Resultados
Secuencia de ADN es
Supercoiled> lineal> mellado / abierto circular / relajado
(Dependiendo de la velocidad de migración)
El cambio conformacional es la razón principal para obtener tres bandas cuando el plásmido puro se carga en el gel.
Fuente:
Fotografías tomadas de Wikimedia commons
Electroforesis en gel de agarosa de ADN
La respuesta simple es que, al estar superenrollado (torcido en una forma más de compañía), es topológicamente más pequeño, por lo que su movimiento es menos retardado por el gel de agarosa que el equivalente circular (no enrollado).
Debido a su estructura retorcida y complicada en comparación con el ADN lineal, que es esencialmente una molécula similar a un hilo.
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