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Pocas personas afirman hoy que existe evidencia sustancial de cualquier proceso que no sea la selección natural que esté involucrado en los “brotes” del equilibrio puntuado.
Bueno, en realidad, hay uno: simbiosis. Cuando diferentes organismos se asocian estrechamente, como cuando otras bacterias se tragan las cianobacterias para formar precursores de las primeras células eucariotas, hay un cambio evolutivo bastante rápido incluso antes de que la selección natural entre en juego. Pero no está claro cuán importante es este proceso. Lynn Margulis afirma que subestimamos enormemente la importancia de las simbiosis de este tipo, y tiendo a estar de acuerdo, pero muchos biólogos lo ven como una especie de curiosidad evolutiva, en oposición a un proceso común.
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Como ejemplo de otro proceso no selectivo que puede conducir a la especiación, hay cambios aleatorios en el número de cromosomas, especialmente en las plantas. Pero si bien estos cambios pueden causar aislamiento reproductivo, a menudo no causan muchos cambios fenotípicos y realmente no constituyen signos de estasis. Los procesos geológicos también pueden tener efectos que conducen a una rápida diversificación. Pero los resultados aún están sujetos a selección. Cuando hablamos de procesos como estos, no estamos hablando de nada fundamentalmente diferente de la selección darwiniana.
Aparte de eso, hay biólogos que creen que la selección natural por sí sola no puede explicar las puntuaciones. Stephen Jay Gould y Niles Eldredge parecían tomar esta posición en sus primeros artículos que introducían el equilibrio puntuado. Más tarde, en su mayoría cayeron en un enfoque basado en la selección que invocaba conceptos como modos de especiación en lugar de tratar de promover mecanismos distintos de la selección natural; Sin embargo, parecía que Gould todavía no estaba seguro.
La posición de que alguna otra fuerza está actuando en estas puntuaciones es bastante poco ortodoxa, y tenemos poca idea de cuál sería esa fuerza. Entonces, en este momento, parece que el equilibrio puntuado es simplemente una característica de la selección, en lugar de un efecto de alguna fuerza evolutiva aún no descubierta. Sin embargo, sigue siendo una pregunta abierta.