Se solía pensar que una vez que se había perdido una característica, se había perdido para siempre y no se podía recuperar sin volver a desarrollarla laboriosamente. Pero eso fue antes de descubrir los genes hox (caja homoeótica). Estos controlan la secuencia del desarrollo embriológico. Una mutación hox puede apagar subrutinas biológicas completas y partes del cuerpo, y luego volver a encenderlas más tarde, aunque si la secuencia ha estado inactiva durante demasiadas generaciones, puede haber acumulado mutaciones, porque mientras está apagada no se filtra por selección presión.
Por ejemplo, solía ser que algunos paleontólogos argumentaban que las aves no podían ser terópodos, porque las aves tienen un dígito que sus antepasados terópodos ya habían perdido. Pero ahora sabemos acerca de los genes hox, eso no es un problema: las aves podrían haber recuperado el dígito faltante cuando una mutación hox volvió a activar esa secuencia en particular.
Famosamente, una mutación hox puede causar que un ratón nazca con mandíbulas extra de estilo reptil que los mamíferos perdieron hace unos 200 millones de años.
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