Para el laico: ¿Cómo se usan los rayos X para calcular la estructura de las moléculas?

Los puntos en el patrón de difracción de rayos X son como notas de un piano, pero se reproducen en el espacio, no en el tiempo.

Los puntos centrales son tonos graves profundos, formando franjas gigantes de espacio. Una hélice está aquí. Un nucleótido está ahí. THUMP BUMP CLUNK.

Las manchas periféricas son los altos tintineos de copas de vino que se juntan, grabando en contornos afilados de densidad electrónica. El enlace H tira de los electrones un poco hacia la derecha. El fosfato se une al agua aquí. Detalle, detalle, detalle.

Cuantos más lugares lejanos pueda recolectar, mayor será la resolución de la imagen que puede generar. Se utiliza un esquema de descomposición similar (transformación de coseno discreto) para comprimir los archivos JPEG que vemos todos los días en la web. Por lo tanto, los puntos que aparecen en las placas de cristalografía de rayos X no solo son una herramienta científica útil, sino que sugieren una forma más profunda de representar los detalles esenciales de las imágenes que los humanos perciben.

Un poco de claridad.
La imagen de difracción en blanco y negro que proporcione no proporcionaría una imagen tan rica y detallada como la doble hélice que también se suministra. Existe una relación matemática entre las imágenes de difracción y el modelo que se genera. Se llama transformación de Fourier y eso es suficiente por ahora. Se necesitaría una serie de este tipo de patrones de difracción para obtener un modelo tridimensional de la hélice y con esta calidad de imágenes probablemente obtendría algo parecido a un cordón de zapato retorcido. La vieja ‘mala información adentro, mala información afuera’.

Cómo funciona:
Las imágenes de difracción se apilan una encima de la otra haciendo un patrón tridimensional. Este patrón de difracción 3D está relacionado con el modelo 3D de las moléculas, pero el patrón es solo una parte de la historia. El brillo de una parte del patrón de difracción en comparación con otra es simplemente relevante, si no más. Entonces, ¿la posición y el brillo del patrón de difracción cuando se pasa a través de la transformada de Fourier le da qué? Categóricamente no te da esta bonita imagen que has proporcionado, básicamente te da exactamente lo que pones: un mapa tridimensional con partes brillantes, cuanto más brillantes son, probablemente más electrones estaban en esa posición, lo cual es corto mano para qué elemento era más probable en esa posición.

Transformada de Fourier explicada (no realmente)
Estás en un bar muy concurrido, hay dos partes distintas, detrás de la barra donde las bebidas están bien separadas en botellas (el modelo), y tu lado, donde están todas separadas y mezcladas (patrón de difracción). Puede reconstruir razonablemente lo que está detrás de la barra con lo que está en las gafas de todos o puede describir lo que está en las gafas de todos por lo que está detrás de la barra. La relación es clave, en este caso la Biblia Bartenders, pero para el pobre cristalogógrafo todo es geometría. Cambia un par de botellas y obtendrá un patrón ligeramente diferente en los vasos.

Aleta
Y eso es básicamente todo, también usará una gran cantidad de datos externos: secuencias de aminoácidos, probabilidad química, permisibilidad física, fluctuación de temperatura, ese tipo de cosas. Un par de cosas para recordar, es un modelo, no la cosa en sí, es de un cristal, no de la cosa como es en su entorno nativo. Imagen de Blobby adentro, modelo de Blobby afuera.

La clave:
En la cristalografía hay ‘El problema de la fase’, es como las bebidas mezcladas, realmente no sabes lo que hay en ellas al mirarlas, ¿es un vodka o gin martini? Tenemos el mismo problema en la difracción y la gente ha ideado algunos trucos ingeniosos para resolverlo (mirándolo Wayne Hendrickson). Buena suerte.

En las escuelas, el ancho de corte y el ángulo de flexión de la luz difractante se utilizan para determinar su longitud de onda. Como resultado, podemos realizar ingeniería inversa en este proceso para determinar las propiedades de esta hendidura pasando una longitud de onda conocida del haz a través de la hendidura y midiendo su patrón de difracción resultante. Esta es la esencia de la difracción de rayos X.

Las estructuras biológicas moleculares como las proteínas y el ADN están separadas por menos de 50 nanómetros. Los rayos X, con una longitud de onda en este rango, son perfectos para estudios de difracción de las estructuras biológicas a nivel molecular. Cuando los rayos X pasan a través de pequeñas estructuras cristalizadas, los espacios moleculares y atómicos actúan como pequeñas rendijas, difractando los rayos X. Si la estructura está ordenada por completo, como en las redes cristalinas, el patrón de difracción es repetitivo y observable. Sin embargo, en ausencia de dicha estructura, los diferentes puntos de la estructura difractan de manera única, lo que lleva a una imagen difusa que no nos dice mucho. Naturalmente, la cristalografía de rayos X de proteínas es un desafío al pedir proteínas que se cristalizan perfectamente con un orden de largo alcance.

El ADN es una molécula ordenada y, por lo tanto, ofrece un patrón de difracción que es discernible. Proporciona cuatro pistas distintas que nos ayudan a determinar su estructura.

Primero, tiene líneas o puntos separados uniformemente y que se mueven hacia afuera. Estos aparecen debido a los giros repetidos de la hélice de ADN. Cada nueva espiral actúa como una nueva fuente de difracción, lo que conduce a líneas espaciadas uniformemente.

En segundo lugar, la cristalografía muestra una cruz en el centro, que representa la torsión helicoidal de las cadenas de ADN. La torsión helicoidal hace que parezca que la molécula está relativamente doblada desde la perpendicular de los rayos X entrantes. Como una hélice entra y sale, el ángulo de curvatura oscila constantemente entre dos puntos fijos, lo que produce una marca cruzada en el patrón de difracción.

El tercero es la forma de diamante alrededor de la cristalografía. Los puntos que forman el diamante están muy separados, lo que nos dice que las ranuras son muy pequeñas. Naturalmente, es el espaciado de pares de bases lo que produce la estructura de diamante.

Por último, aunque las líneas están espaciadas uniformemente, falta la cuarta línea. Estas líneas faltantes solo pueden ser causadas si las dos hebras helicoidales son antiparalelas en una doble hélice. Las dos hélices, si están juntas, serían compensadas por una pequeña distancia (ya que corren paralelas entre sí). Esta compensación conduciría a un ángulo diferencial de difracción para los rayos X, creando una interferencia destructiva que hace que la cuarta línea desaparezca por completo.