Un bifan es un tipo de motivo regulatorio (o “motivo de red”) y un motivo puede considerarse como un pequeño subgrafo recurrente incrustado en una red. Por lo tanto, algunos otros ejemplos de motivos son los de retroalimentación, retroalimentación y motivos de pajarita dirigidos. Una red compleja generalmente se puede deconstruir en varios motivos y los motivos más grandes (que contienen 5 o 6 o más nodos) se pueden dividir en motivos más simples.
Los motivos Bifan son uno de los motivos estadísticamente más representados en las redes de señalización y regulación génica [1-3]. En general, los motivos bifan son indicativos de muchos receptores acoplados a proteínas G e interacciones entre proteínas quinasas y factores de transcripción. Un ejemplo es el motivo bifan JNK1 / p38 – ATF2 / Elk-1 . Este motivo consiste en dos proteínas quinasas, proteína quinasa activada por mitógeno p38 α y c-Jun quinasa N-terminal-1 (JNK) que activan los dos factores de transcripción ATF2 y Elk-1. Los factores de transcripción activados pueden formar heterodímeros u homodímeros que pueden formar un complejo que conduce a la remodelación del ADN o al inicio de la transcripción en promotores específicos.
A continuación se muestra la estructura básica del motivo bifan JNK1 / p38 – ATF2 / Elk-1, que se toma del documento [4]:
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La idea básica es que dos nodos de origen están regulando directamente dos nodos de destino. El motivo bifan puede estar presente como una compuerta OR (a) o compuerta AND (b) que se muestra más adelante en las tablas de verdad. Es útil como un medio para la regulación temporal en la propagación de señales y sirve para sincronizar los dos factores de transcripción. Los motivos Bifan son altamente estables. En la configuración OR, dos vías ofrecen redundancia y robustez. En la configuración AND, dos vías evitan la propagación de señales extrañas, efectivamente “protegiendo contra las coincidencias” por una sola proteína quinasa.
[1] Granularidad gruesa y disimilitud de redes complejas.
[2] Formación de patrones reguladores durante la propagación de la señal en un Mam …
[3] Motivos de red: bloques de construcción simples de redes complejas.
[4] Página en nih.gov
