Digamos que desea un estudio similar a lo que Michael Snyder de Stanford realizó sobre sí mismo.
El perfil personal de Omics revela fenotipos dinámicos moleculares y médicos
Cada carril de Illumina HiSeq cuesta, digamos, alrededor de $ 2500 (descontando cualquier preparación de muestra)
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Pude encontrar su volcado de datos SRA real aquí Visor de acceso GEO
Hay 21 puntos de tiempo, cada uno con un archivo sra de 8.1GB, con aproximadamente ~ 60 millones de puntos por ejecución, por lo que creo que se trata de un carril completo de secuenciación Illumina por punto de tiempo en ese momento. Debería ser posible llenar más de 150 puntos M por carril en estos días. Así que agitamos un poco la mano y asumimos que puedes sobrevivir con 7 carriles Illumina para replicar ese experimento.
Por lo tanto, serían 7 carriles * 2,500 = $ 17,500 descontando los probablemente 20-30 + k que tendría que gastar para la recolección de muestras, la preparación de muestras y el análisis de datos adecuados. Escale en consecuencia si desea diseñar un experimento diferente.
Recuerde que el transcriptoma es más útil cuando puede obtener datos de series temporales con un buen rango dinámico: desea saber qué transcripciones están altamente expresadas y cuáles no. Y desea saber cómo cambia ese patrón de expresión en respuesta a algún estímulo significativo. Esto a menudo resulta en una cobertura de mayor profundidad, porque es posible que tenga que secuenciar transcripciones 1M del gen A para ver algunas transcripciones del gen B.
