Las enzimas de restricción son altamente específicas para una secuencia de ADN, por lo tanto, si hay un cambio en la secuencia en lo que normalmente sería un sitio de corte, el sitio de corte no se produce, lo que resulta en un fragmento menos de lo que cabría esperar.
Como ejemplo simple, suponga que tiene una cadena de ADN de 100 pb que está probando con la enzima de restricción BamHI (BamHI | NEB). Supongamos que el ADN tiene una sola instancia del sitio de reconocimiento de restricción GGATCC, comenzando en la base 30. Se esperaría ver dos * fragmentos después de la restricción, de tamaños 31 y 69 ya que el sitio de corte está entre la primera y la segunda G’s. Si el ADN original no fuera el esperado, digamos una sustitución A-> T en la base 32, el antiguo sitio de reconocimiento ahora sería GGTTCC. La enzima BamHI lo dejaría solo, produciendo una sola cadena de ADN de 100 pb en lugar de dos como se esperaba.
Sin embargo, más comúnmente, las enzimas de restricción se usan para verificar si ha habido inserciones / deleciones / reordenamientos * entre * los sitios de corte, ya que puede comparar el tamaño medido de cada fragmento con lo que esperaría de los sitios de corte conocidos en una referencia secuencia. Si usa múltiples enzimas de restricción simultáneamente (cuidadosamente elegidas para cubrir su secuencia de referencia específica) puede obtener una resolución bastante fina de dichos cambios.
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* Se esperarían dos fragmentos si la reacción enzimática fuera 100% eficiente. Parte del ADN intacto residual podría permanecer detectable dependiendo de la sensibilidad del ensayo que utilice para medir los fragmentos, por ejemplo, un gel de agarosa, un BioAnalyzer o una TapeStation.
