Muchas buenas respuestas, pero las varias que miré no mencionaron estas.
1) La idea de que solo una secuencia de aminoácidos específica es funcional para una proteína está muy lejos.
2) La idea de que las secuencias aleatorias no pueden ser funcionales es incorrecta.
1. La falacia de “una sola secuencia específica”
Demasiados anti-evolucionistas tienen la impresión errónea de que solo 1 secuencia de aminoácidos específica es funcional para una proteína: cambie solo 1 aminoácido, cualquier aminoácido y resultados de muerte. Esto no es asi.
La razón por la que muchos anti-evolucionistas creen esta falsedad es porque se les ha dicho una analogía engañosa, usando el idioma inglés. Las analogías son buenas para comprender los conceptos básicos de algo, pero todas las analogías se descomponen en algún momento. Y las analogías basadas en la especificidad exacta del idioma inglés (por ejemplo, cambiar cualquier letra en “proteína” y la secuencia ya no es válida; la secuencia perdió su función) y las secuencias de ADN / aminoácidos se descomponen inmediatamente.
Aquí hay tres contadores, de muchos, para la falacia de “una secuencia específica”.
A) La proteína codificada por el gen BOULE humano puede sustituir funcionalmente a la proteína defectuosa codificada por un gen Boule defectuoso en las moscas de la fruta, a pesar de que las proteínas de la mosca humana y de la fruta son solo un 30% idénticas.
“ Extendemos el análisis evolutivo de BOULE al nivel de phyla y mostramos que un transgen de BOULE humano puede avanzar la meiosis en moscas mutantes de boule infértiles. Esta es la primera demostración de que un gen reproductor humano puede rescatar defectos reproductivos en una mosca.
…
Human BOULE y fly Boule comparten un 42% de similitud (y un 30% de identidad) en toda la secuencia de proteínas y un 80% de similitud a nivel de aminoácidos en el motivo de unión al ARN “.
(El gen Human BOULE rescata defectos meióticos en moscas infértiles, Eugene Yujun Xu, Douglas F. Lee, Ansgar Klebes, Paul J. Turek, Tom B. Kornberg y Renee A. Reijo Pera, Human Molecular Genetics, (2003) 12 (2 ): 169-175)
B) El gen nematodo gly-2 puede rescatar ratones con un gen ortólogo defectuoso (llamado GlcNac-TV en ratones), a pesar de que las proteínas de las dos especies son solo un 36,7% idénticas.
“ El genoma de Caenorhabditis elegans contiene un solo gen ortólogo, gly-2, que se transcribe y codifica una proteína de membrana tipo II de 669 residuos que es 36.7% idéntica a la GlcNAc-TV de mamífero (Mgat-5). … Concluimos que el gen del gusano es funcionalmente intercambiable con la forma de mamífero.
…
Observamos que el genoma de C. elegans codifica un solo gen, designado gly-2, que es homólogo a las secuencias de TV de GlcNAc de mamífero. En este artículo, establecemos que el ortólogo de nematodos es funcionalmente equivalente al de los mamíferos y que C. elegans es un modelo apropiado para investigar las contribuciones a la aptitud hechas por los N-glucanos ramificados con β6-GlcNAc.
…
La traducción conceptual del marco de lectura abierto [del gen del nematodo] codifica un polipéptido de 669 aminoácidos que es 59.9% similar y 36.7% idéntico al GlcNAc-TV de rata ”.
(El gen Caenorhabditis elegans, gly-2, Can Rescue the N-Acetylglucosaminyltransferase V Mutation of Lec4 Cells, Charles E. Warren, Aldis Krizus, Peter J. Roy, Joseph G. Culott y James W. Dennis, 21 de junio de 2002 The Journal of Biological Chemistry, 277, 22829-22838 )
C) Los promotores pueden conservar la función a pesar de los cambios individuales.
“Presentamos un análisis sistemático de la variación de la expresión génica a nivel de un solo nucleótido en la región reguladora de Saccharomyces cerevisiae GAL1-10. Mutamos exhaustivamente casi todas las bases y medimos la expresión de cada variante con un ensayo sensible de doble indicador. Observamos un cambio de expresión en [solo] el 7% (43/582) de las bases en esta región , la mayoría de las cuales (35/43, 81%) residen en posiciones conservadas “.
Un estudio sistemático de la variación de la expresión génica en la resolución de un solo nucleótido revela roles reguladores generalizados para uAUG, Yue Yun, TM Ayodele Adesanya y Robi D. Mitra, Genome Res. Junio de 2012 22: 1089-1097
2) La falsa creencia de que las secuencias aleatorias no pueden ser funcionales
De hecho, se pueden encontrar muchas secuencias funcionales entre grandes grupos de secuencias aleatorias.
A) Secuencia aleatoria, promotores funcionales
“ Para probar si los promotores pueden evolucionar de novo, reemplazamos el promotor lac de Escherichia coli con varias secuencias aleatorias y desarrollamos las células en presencia de lactosa. Descubrimos que una secuencia aleatoria típica de ~ 100 bases puede imitar al promotor canónico y permitir el crecimiento de la lactosa mediante la adquisición de una sola mutación. Encontramos además que ~ 10% de las secuencias aleatorias podrían servir como promotores activos incluso sin ningún período de adaptación evolutiva. Una distancia tan corta de una secuencia aleatoria a un promotor activo puede mejorar la capacidad de evolución pero también puede conducir a una expresión accidental indeseable “.
Las secuencias aleatorias evolucionan rápidamente hacia los promotores de Novo. Avihu H. Yona, Eric J. Alm, Jeff Gore. doi: Secuencias aleatorias evolucionan rápidamente en promotores de Novo
B) Secuencia aleatoria, ARN funcional o proteínas
“ Aquí, hemos probado esta pregunta sistemáticamente, expresando clones con secuencias aleatorias en Escherichia coli y sometiéndolos a un crecimiento competitivo. Contrariamente a lo esperado, encontramos que las secuencias aleatorias con bioactividad no son raras. En nuestros experimentos encontramos que hasta el 25% de los clones evaluados aumentan la tasa de crecimiento de sus células y hasta el 52% inhiben el crecimiento. La prueba de clones individuales en ensayos de competición confirma su actividad y proporciona una indicación de que su actividad podría ser ejercida por el ARN transcrito o el péptido traducido. Esto sugiere que las partes aleatorias transcritas y traducidas del genoma podrían tener un alto potencial para volverse funcionales. ”
Las secuencias aleatorias son una fuente abundante de ARN o péptidos bioactivos. Rafik Neme, Cristina Amador, Burcin Yildirim, Ellen McConnell y Diethard Tautz. Nature Ecology & Evolution 1, número de artículo: 0127 (2017). Publicado en línea: 24 de abril de 2017 doi: 10.1038 / s41559-017-0127