Los genes cromosómicos Y secuenciados a partir de neandertales también están ausentes en los varones humanos modernos. La razón es que la historia de “mezcla” de neandertales y arcaicos de H. sapiens es muy desordenada (aunque no necesariamente incorrecta). Y debemos tener en cuenta que la base de datos no es perfecta.
La ausencia de ADNmt de Neanderthal podría ser causada por la muerte de la (s) población (es) de H. sapiens que se cruzaron con Neanderthals (lo que también puede explicar la ausencia de genes cromosómicos Y de Neanderthals). También es posible, pero no sin fallas , que se produzca una deriva genética, el ADNmt era incompatible y condujo a la muerte fetal o la muerte de los niños “híbridos” menos aptos, que los machos neandertales a veces se cruzaban con la hembra de H. sapiens y, por lo tanto, no contribuir con su ADNmt, o que la descendencia “híbrida” de las madres de Neanderthal (cuyos padres habrían sido H. sapiens ) fueron criados en los grupos de Neanderthal y murieron con ellos.
Pero eso se vuelve complicado cuando se tiene en cuenta el hecho de que en las poblaciones humanas modernas de Asia oriental y Europa, el ADN de Neanderthal introgresado total encontrado abarca el 20% de todo el genoma de Neanderthal, por lo que la mezcla tuvo que haber ocurrido en cierta medida, y bastante. La explicación más parsimoniosa y más adecuada para esto es que hubo cruces muy recientes (conservadoramente, 37,000–86,000 YBP). Esto es lo que me parece bien personalmente: la población original de H. sapiens cuyos miembros se cruzaron con los neandertales alrededor de este período de tiempo reciente también se cruzaron con otras poblaciones de H. sapiens antes de morir, y si la descendencia exitosa hubiera sucedido patrilinealmente, el ADNmt no pasaría y los genes de Neanderthal que vemos en las poblaciones humanas modernas sí lo harían. (Entonces hay que tener en cuenta la falta de genes del cromosoma Y del neandertal, pero esa no era la cuestión).
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