El cambio conformacional en el ADN puede tener un efecto (por ejemplo, ADN-Z). No tengo ni idea * pero esperaría que este sea el caso. Se sabe que algunas enzimas prefieren sustratos de ADN súper enrollados o lineales (escisión de ADN súper enrollado).
La gran mayoría de las enzimas que se usan comúnmente solo cortan en secuencias de reconocimiento específicas.
Diversas enzimas requieren, o están bloqueadas por, la metilación de bases específicas en o cerca de sus secuencias de reconocimiento. A otras enzimas no les importa.
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* – Aparentemente, en mayor o menor medida: la inhibición de las endonucleasas de restricción debido al ADN Z en el plásmido negativamente superenrollado, y aparentemente esto se ha utilizado para hacer una endonucleasa de fusión FokI específica para el ADN Z, pero que escinde el ADN B justo aguas abajo del sitio de unión de Z-DNA.
