¿Cuál es la base de datos de secuencias de proteínas ambientales (env_nr) en la web de NCBI?

NCBI describe la base de datos NR como “Todas las traducciones de CDS GenBank no redundantes, PDB, Swiss Prot, PIR y PRF”. Entonces, la proteína NR es básicamente todas las entradas de proteína que hay y BLAST se usa para eliminar / hacer referencia a secuencias redundantes.

Env_NR es traducciones de la base de datos env.nt (nucleótido) y env.nt son secuencias de ADN directamente del medio ambiente (lo que significa que todos sus organismos se mezclan).

La relación entre ellos está explicada por el WGS … (y solo como referencia, WGS son proyectos de escopeta de genoma completo que son conjuntos de genomas incompletos o cromosomas incompletos). Si se identifica la secuencia de un organismo en particular, entonces está en la base de datos NR, y si el organismo aún no lo sabe, está en la base de datos env_nr.

¿Es esta pregunta para su información o está tratando de determinar qué base de datos utilizar para un proyecto?

Espero que esto ayude un poco.

Las secuencias ambientales son de fuentes … env, en oposición a toda la base de datos nr (no redundante).
por ejemplo, microbiomas o bacterias no cultivadas.

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