MgCl2 es un cofactor para la enzima Taq y actúa como catalizador. Durante la reacción de PCR, los dNTP se disocian en dNMP para formar un enlace fosfodiéster entre 3 ‘OH del nucleótido adyacente y 5’ fosfato del nucleótido próximo. Aquí, Mg ++ se une al grupo alfa fosfato de dNTP y ayuda a eliminar el fosfato beta y gamma de dNTP. El aumento de la concentración de Mg ++ aumenta la actividad de la ADN polimerasa Taq pero a la privación de especificidad. Por otro lado, la menor concentración de Mg ++ disminuirá la actividad de Taq pero aumentará su especificidad.
Mg ++ juega un papel importante en el recocido del cebador, ya que es crucial para el emparejamiento de bases con el ADN objetivo. A una concentración más baja de Mg ++, los cebadores no se pueden recocer al ADN objetivo. A una concentración más alta de Mg ++, el emparejamiento de la base se vuelve demasiado fuerte y el amplicón no se desnaturaliza por completo.
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