La PCR viene en muchos sabores. Puede clasificarlo de varias maneras diferentes.
Por ejemplo, la PCR se usa típicamente para detectar o cuantificar elementos de interés o como una etapa preparatoria para otro proceso. Estos no son exclusivos; puede decidir basándose en lo que detectó para preparar algo. Por preparar, me refiero a la clonación / construcción de genes o secuenciación. La detección puede ser cualitativa o cuantitativa y podría analizarse mediante el perfil de amplificación (qPCR), el conteo digital (PCR digital de gotas), mediante un gel (por ejemplo, para resolver marcadores forenses) o mediante secuenciación. La PCR es capaz, en condiciones ideales, de detectar moléculas individuales de ADN en el material de entrada. La PCR también se puede diseñar para distinguir entre dos secuencias estrechamente relacionadas (PCR específica de alelo).
La PCR preparativa se usa a menudo para clonar fragmentos de ADN de fuentes naturales o para extraer un segmento definido de ADN previamente clonado. También es posible ensamblar genes mediante una forma de PCR en la que se usa una mezcla de oligos superpuestos como entrada. Si algunos de estos oligos se preparan con una mezcla de nucleótidos en posiciones seleccionadas, se pueden generar bibliotecas de mutantes.
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La PCR propensa a errores es un caso especial de PCR en el que la reacción se ejecuta deliberadamente para que se generen mutaciones, a menudo utilizando una polimerasa mutada. Este puede ser un medio económico para generar bibliotecas mutantes, particularmente si tiene un ensayo de alto rendimiento para examinarlas.
La PCR también se usa a menudo para amplificar material para la secuenciación de ADN, además de ser un componente integral de la mayoría de los protocolos de secuenciación de Sanger (theromocycling) y plataformas más nuevas como 454, Illumina e Ion Torrent.
También puede clasificar la PCR por la naturaleza de los cebadores. La mayoría de las PCR utilizan dos cebadores definidos. Los esquemas de PCR de un solo lado usan un cebador bien definido y otro cebador que es genérico. La PCR degenerada utiliza poblaciones de cebadores que contienen mezclas de bases en ciertas posiciones o nucleótidos “comodín” como la inosina que pueden emparejarse de manera promiscua; Esto es útil para amplificar moléculas conservadas en las que la conservación no es perfecta.
La PCR también se puede clasificar por el formato. La mayoría de las PCR se ejecutan en solución libre, pero también se pueden ejecutar dentro de gotas impermeables (emulsión y PCR de gotas digitales) o con uno (PCR de fase sólida) o ambos cebadores (PCR puente) unidos a una superficie sólida. Estos también se pueden combinar: la preparación de muestras para algunos instrumentos de secuenciación utiliza PCR en emulsión con un cebador unido a una perla.
Los métodos actuales de PCR solo pueden usar ADN como entrada directa. El ARN puede convertirse en ADN mediante una reacción de transcripción inversa. Se ha descrito pero no comercializado una polimerasa termoestable que podría permitir la PCR directa de ARN.
La PCR también se puede usar junto con otros reactivos como una lectura que no se basa en el ADN de la muestra. Por ejemplo, si se unen distintas etiquetas de ADN a diferentes anticuerpos, se pueden detectar múltiples analitos en una muestra uniendo primero los anticuerpos como un ELISA, pero leyendo el ensayo mediante PCR que amplifica las etiquetas de ADN.
Al final, la utilidad de la PCR es casi ilimitada: ¡usa tu imaginación!
